QUEST FOR EL DORADO è probabilmente il primo gioco d Reiner Knizia che utilizza la meccanica del "deck building". Il tabellone viene formato utilizzando delle speciali plance, stampate da entrambi i lati e contenenti ciascuna 37 esagoni con vari tipi di terreno: giungla, fiume, villaggi, terreno difficile e montagne.

Queste plance vengono assemblate secondo una serie di schemi forniti dal gioco o ... a piacere, sapendo che esiste una sola plancia di partenza e che dopo l'ultima si deve installare una tessera speciale con la città di El Dorado.

I giocatori ricevono un mazzetto personale di 8 carte (uguali per tutti) tre delle quali (verdi) permettono di avanzare nella giungla, una (blu) nel fiume e quattro (gialle) possono servire sia ad entrare nei villaggi che ad acquistare nuove carte: tutti mescolano il loro mazzetto di carte e ne prendono quattro in mano. 

A fianco del tabellone si installa un espositore contenente 6 mazzetti di tre carte ciascuno (che hanno gli stessi colori di quelle di base, ma con effetti più potenti), mentre sopra all'espositore sono allineate altre due file di sei mazzetti (tutti di tre carte, comprese quelle "speciali" di colore viola): si tratta delle carte extra che i giocatori potranno acquistare per poter viaggiare nella giungla più velocemente o eseguire azioni complementari.

Scopo del gioco è arrivare per primi a El Dorado dopo avere percorso l'intera giungla. Al suo turno ogni giocatore deve:

(a) - giocare una o più delle quattro carte che ha in mano, eseguendo le azioni relative (avanzare sulle plance, acquistare altre carte, utilizzare mosse speciali, ecc.);

(b) scartare le carte appena giocate in un apposito mazzetto;

(c) pescare nuove carte dalla sua riserva: se questa si esaurisce viene mescolato il mazzetto degli scarti a costituire la nuova riserva e si termina la pesca.

Col passare dei turni il numero delle carte aumenta (deck building) e i giocatori cercheranno di eliminare dalla loro mano quelle meno potenti che li rallenterebbero troppo.

Per entrare in un esagono occorre contare il numero di simboli stampati al suo interno (da 1 a 4) e pagare un numero di carte di quel colore il cui valore sia pari al numero dei simboli. Per esempio, per entrare in un esagono verde con TRE simboli occorrono tre carte verdi di valore "1", oppure una carta di valore "2" ed una di valore "1", oppure una carta di valore "3".

Poiché più ci si avvicina a El Dorado e più il cammino diventa faticoso, nella prima parte del gioco è necessario acquistare dall'espositore carte sempre più potenti o carte speciali (di colore viola) che diano qualche bonus. Il primo giocatore che arriva a El Dorado fa scattare la fine del gioco: se al termine del turno è rimasto l'unico nella città la partita è sua e può finalmente riempirsi le tasche d'oro.